너세지 / 법인세 / 장애인고용부담금의 처리

 

지과장이 근무하는 회사는 오랜 기간 동안 매년 장애인고용부담금을 납부하고 제세공과금으로 회계처리 해 왔는데요, 12월 말 결산법인으로서 2019년 법인세 신고를 할 때 부터는 이 장애인고용부담금을 손금불산입(법인세 과세표준에서 불공제) 해야 한다는 이야기를 듣습니다. 그렇게 몇년이 흐른 뒤 2023년 5월의 어느 날, 새로운 행정소송 판결이 나오게 됩니다.

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회사가 납부한 제세공과금은 일반적으로 법인의 비용으로 회계 처리하고 이를 그대로 법인세 신고에 '손금(일종의 소득공제)'으로 반영하여 '법인세를 줄여 주는 효과'를 발생시킵니다.

한편 100명 이상 근로자를 고용한 사업자가 의무고용률에 미달하게 장애인을 고용한 경우 '장애인고용부담금'을 고용노동부에 납부해야 합니다. 상당 기간 동안 이 '장애인고용부담금' 역시 일반적인 제세공과금으로서 법인세를 줄여주는 지출의 하나였습니다. 그런데 별안간 2018.2.21. 기획재정부의 유권해석이 나오게 되면서 장애인고용부담금에 대한 법인세 신고 방법이 바뀌게 됩니다.

기획재정부법인세제과-145,2018.2.21 (의역) 2018.2.21. 이 회신일 이후 신고납부한 장애인고용부담금은 손금불산입 대상임.

 

장애인고용부담금은 매년 1월에 전년도 기준의 장애인고용부담금을 신고납부하게 되는데, 2018년 1월에 이미 신고납부한 장애인고용부담금은 이 해석이 적용되지 않고, 사실상 2019년 1월에 납부하게 되는 장애인고용부담금부터 적용되게 된 것입니다. 즉, 12월 결산법인을 기준으로 2019년 법인세 신고를 할 때부터 비용으로 회계처리 했을 장애인고용부담금을 '손금불산입' 하게 되었습니다.

그렇게 새로운 유권해석에 따라 법인세신고를 해오던 2023년 5월 어느날 다시 정반대의 행정법원(1심) 판결이 나옵니다. 국세청은 행정법원의 판결에 항소하였으나 그 해 12월 고등법원(2심) 역시 행정법원(1심)과 동일한 취지의 판결을 하게 됩니다.

서울행정법원 2023. 5. 2. 선고 2022구합65757 / 서울고등법원 2023. 12. 5. 선고 2023누4532 (의역) 장애인고용부담금을 손금에 산입할 수 있음.

 

이러한 1심, 2심 판결의 내용대로 대법원(3심) 판결까지 확정 된다면 회사들은 경정청구를 통해 장애인고용부담금을 손금산입함으로써 줄어드는 법인세 만큼을 국세청으로부터 돌려 받을 것으로 예상 됩니다. 참고로 12월 말 결산 법인을 기준으로 경정청구 가능 기한은 아래와 같습니다. 

2019년 법인세 : 신고기한 2020.3.31로부터 5년 이내 → 2025.3.31까지 2020년 법인세 : 신고기한 2021.3.31로부터 5년 이내 → 2026.3.31까지

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TMI) 2024.1.23 기획재정부에서 발표한 법인세법 시행령 개정안에서 위의 판례의 내용과는 반대로 '장애인고용부담금 손금불산입'을 시행령에 명문화 하려는 시도가 있었으나, 2024.2.27 내용을 수정하여 개정안을 없던 것으로 하였습니다. 그러나 다시 아래와 같은 세법개정(2025.1.1 부터 시행)이 있었는데 이는 '장애인고용부담금을 겨냥하여 손금불산입'하기 위한 취지로 해석됩니다. 따라서 향후 대법원 판결에서 장애인고용부담금이 손금산입 대상이라고 확정하여도 이는 2024년까지 적용될 뿐이고 2025년부터는 개정된 세법에 따라 장애인고용부담금을 손금불산입하여야 할 것으로 보입니다. 

< 법인세법 제21조 제5호>

'24.12.31 개정 전	'24.12.31 개정 후 - '25.1.1 부터 시행
손금불산입 대상 세금과 공과금 : 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금	손금불산입 대상 세금과 공과금 : 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금

 

감사합니다. 지정환 세무사였습니다.